Kauno rajono „Hegelmann“ klubas įkurtas 2009 metais, iš pradžių telkiant logistikos bendrovės darbuotojus ir vietos futbolininkus. Ankstesnis komandos pavadinimas – „Hegelmann Litauen“. Nuo III lygos pradėjęs klubas palaipsniui kilo Lietuvos futbolo piramidėje, o 2018 metais laimėjo II lygos Pietų zonos pirmenybes.

2019 metais „Hegelmann“ debiutavo Pirmoje lygoje. 2020 metų sezone užimta antroji vieta suteikė galimybę pakilti aukščiau, ir 2021 metais komanda pirmą kartą rungtyniavo A lygoje. Klubo istorijoje jaunimo ugdymas susietas su akademija ir galimybe jos auklėtiniams siekti vietos vyrų komandose.