Kauno „Žalgirio“ futbolo komandos ištakos – 2004 metais Kauno futbolo mokykloje „Tauras“ kilusi „Spyrio“ idėja. Klubas buvo kuriamas tam, kad mokyklą baigę futbolininkai galėtų tęsti karjerą. Nuo 2005 metų komanda žaidė II lygoje, o 2013 metais debiutavo Pirmos lygos pirmenybėse.

2015 metais „Spyris“ pakilo į A lygą, o 2016 metų sausį komandai suteiktas „Kauno Žalgirio“ pavadinimas. Klubo sistemoje svarbią vietą užima jaunųjų futbolininkų ugdymas ir akademija. Tai Kauno miesto komanda, kurios istoriją reikia skirti nuo atskiro Vilniaus „Žalgirio“ klubo.