Vilniaus „Žalgirio“ istorijos pradžia laikomos 1947 metų gegužės 16 dieną sužaistos Vilniaus „Dinamo“ rungtynės. Vėliau komanda vadinosi „Spartaku“, o 1962 metais jai suteiktas „Žalgirio“ vardas. Sovietmečiu ši ekipa buvo svarbiausia Lietuvos reprezentantė sąjunginėse futbolo pirmenybėse.

Vienas žymiausių istorinių pasiekimų – 1987 metais iškovoti SSRS aukščiausiosios lygos bronzos medaliai. Kitais metais vilniečiai debiutavo UEFA taurėje. Nuo 1990 metų „Žalgiris“ rungtyniauja Lietuvos čempionate, kuriame ne kartą iškovojo auksą, o jo istorija glaudžiai susijusi su šalies rinktinės žaidėjų kartomis.