Futbolo klubas „Panevėžys“ įkurtas 2015 metų vasario 18 dieną. Jau pirmąjį sezoną komanda pradėjo žaisti Lietuvos Pirmoje lygoje, o 2018 metais tapo jos nugalėtoja. Šis rezultatas atvėrė kelią debiutui kito sezono A lygos čempionate.

Pirmą svarbų nacionalinį trofėjų „Panevėžys“ iškovojo 2020 metais: LFF taurės finale po baudinių serijos įveikė Marijampolės „Sūduvą“. 2021 metais klubas taip pat laimėjo Supertaurę, šįkart po baudinių serijos palaužęs Vilniaus „Žalgirį“. Kartu su pagrindine komanda plėtota jaunimo ir dublerinės ekipos veikla.